RTO與CO在處理廢氣的時候，廢氣適用種類是有所區別的，RTO與CO可以用于處理烷烴、芳香烴、酮、醇、酯、醚、部分含氮化合物等有機廢氣。

  硫磷類廢氣會使催化劑中毒，不適合用CO處理，而如果忽略含硫磷廢氣燃燒時對設備儀表的少量腐蝕，可以限制性的使用RTO處理。

  由于處理溫度均<1150℃，兩種工藝都不能用于處理含鹵代烴廢氣以避免產生二噁英。部分類似硅烷類的廢氣因為燃燒后生成的固體塵灰會堵塞催化劑或蓄熱陶瓷或切換閥密封面，所以RTO和CO都不能使用。

  含漆霧粉塵類廢氣要預過濾以避免切換閥關不緊、蓄熱體阻塞等現象，RTO的預處理要過濾到至少F6級;而CO處理廢氣主流通道上無切換閥，加上可以采用讓廢氣流速較高粉塵不易結存、定期給整個系統升溫回火將粉塵剝離分解等方法，因此CO的預處理只需簡單過濾到G4級。

  此外，因為含易自聚有機物(如丁二烯、丙烯酸酯等)廢氣會影響到切換閥的有效開閉，同時也可能在位于廢氣進口處的蓄熱體上低溫沉積，使用RTO處理該類廢氣時會有安全隱患，而CO則不受影響。